Επιστρέφοντας
στην πατρίδα του, άρχισε να διδάσκει τη γαλλική γλώσσα και καλλιτεχνικά
μαθήματα στο Γυμνάσιο. Το 1923 επισκέφθηκε το Άγιο Όρος και ήρθε σε επαφή με τη
βυζαντινή ζωγραφική ενώ την ίδια χρονιά παρουσίασε έργα του στο Λύκειο
Ελληνίδων στην Αθήνα. Εργάστηκε ως συντηρητής σε διάφορα μουσεία, όπως είναι το
Βυζαντινό Μουσείο της Αθήνας (1930), το Κοπτικό Μουσείο του Καΐρου (1933) και το
Μουσείο της Κέρκυρας (1934-1935) ενώ από το 1936 είχε εργαστεί για τη συντήρηση
και τον καθαρισμό των τοιχογραφιών της Περίβλεπτου στο Μυστρά.
Ο
Φώτης Κόντογλου συμμετείχε σε Πανελλήνιες Καλλιτεχνικές Εκθέσεις (1938, 1948,
1957), στην Μπιενάλε της Βενετίας (1934) και στη Β΄ Μπιενάλε της Αλεξάνδρειας
(1957).
Όπως
αναφέρεται και στο site της Εθνικής Πινακοθήκης: «Έχοντας ως γνώμονα
των καλλιτεχνικών του αναζητήσεων τη βυζαντινή και τη λαϊκή ζωγραφική, αλλά και
μελετώντας δημιουργίες παλαιότερων περιόδων, όπως τα πορτρέτα Φαγιούμ,
αναδείχτηκε με το έργο του σε βασικό υποστηρικτή του αιτήματος της αυθεντικότητας
της ελληνικής έκφρασης, ενώ καθοριστική κρίνεται η συμβολή του στη διαμόρφωση της
νεότερης εκκλησιαστικής ζωγραφικής».